Der Stiftung stehen Fördermittel nur in begrenztem Umfang zur Verfügung. Längerfristige oder teure Projekte können daher nicht gefördert werden. Der Einsatz der Fördermittel der Stiftung soll vor allem jungen Nachwuchsforschern die Möglichkeit geben, die notwendigen wissenschaftlichen Voraussetzungen für eine Antragstellung bei anderen Einrichtungen zur Förderung der medizinisch wissenschaftlichen Forschung zu schaffen (Anschubfinanzierung).

Förderanträge für das Folgejahr müssen bis spätestens 30. September eines Jahres schriftlich bei der Geschäftsstelle der Stiftung eingegangen sein; parallel sind sie der Geschäftsstelle auf elektronischem Weg (info@wilhelmvaillantstiftung.de) zu übermitteln. Eine Fördervoranfrage auf elektronischem Weg mit kurzer Schilderung des Projekts und des Finanzbedarfs ist empfehlenswert.